В Горно-Алтайске выращивают 43 вида культурных растений, а также растут 102 родственных им диких вида.
На территории региона растут 95 видов сорняков и зафиксировано 49 различных болезней растений.
Почвенная карта Горно-Алтайска представлена 2 видами грунта.