В Зилаирском районе выращивают 48 вида культурных растений, а также растут 104 родственных им диких вида.
На территории региона растут 101 видов сорняков и зафиксировано 66 различных болезней растений.
Почвенная карта Зилаирского района представлена 3 видами грунта.