В Шенкурске произрастают 157 видов растений. Из них 14.65% культивируются людьми, 40.13% являются дикими растениями, а 45.22% - сорняки.
Вредители Шенкурска представленны 71 типами.
Растительность подвержена 32 заболеваниям.
Почвенная карта Шенкурска представлена 3 видами грунта.