В Каргопольском районе выращивают 44 вида культурных растений, а также растут 67 родственных им диких вида.
На территории региона растут 79 видов сорняков и зафиксировано 43 различных болезней растений.
Почвенная карта Каргопольского района представлена 4 видами грунта.