В Среднеколымске произрастают 36 видов растений. Из них 11.11% культивируются людьми, 80.56% являются дикими растениями, а 8.33% - сорняки.
Вредители Среднеколымска представленны 7 типами.
Растительность подвержена заболеваниям.
Почвенная карта Среднеколымска представлена 6 видами грунта.