В Холмском городском округе выращивают 25 вида культурных растений, а также растут 47 родственных им диких вида.
На территории региона растут 18 видов сорняков и зафиксировано 37 различных болезней растений.
Почвенная карта Холмского городского округа представлена 4 видами грунта.