В Агаповке произрастают 243 видов растений. Из них 20.58% культивируются людьми, 39.92% являются дикими растениями, а 39.51% - сорняки.
Вредители Агаповки представленны 167 типами.
Растительность подвержена 106 заболеваниям.
Почвенная карта Агаповки представлена 4 видами грунта.