В Кош-Агаче произрастают 205 видов растений. Из них 11.71% культивируются людьми, 53.66% являются дикими растениями, а 34.63% - сорняки.
Вредители Кош-Агача представленны 119 типами.
Растительность подвержена 10 заболеваниям.
Почвенная карта Кош-Агача представлена 7 видами грунта.