В Магдагачи произрастают 132 видов растений. Из них 14.39% культивируются людьми, 52.27% являются дикими растениями, а 33.33% - сорняки.
Вредители Магдагачи представленны 87 типами.
Растительность подвержена 57 заболеваниям.
Почвенная карта Магдагачи представлена 10 видами грунта.